La chiesa si trova nei pressi dell’antico castello romano
Lindenhof e trae le sue origini dai tempi dei romani. Re Ludwig il Tedesco la regalò nell’857 alle figlie Hildegard e Berta, prime badesse di Fraumünster, in occasione della fondazione dell’abbazia. Nel 1345 Rudolf Brun, primo sindaco di Zurigo e redattore della Costituzione della Gilda di Zurigo, acquisì diritti e doveri su S. Pietro. Rudolf Brun è stato tumulato nel coro della chiesa nel 1360.

L’attuale chiesa è costruita su quattro precedenti edifici: preromanico del 9° secolo (le fondamenta sono ancora visibili sotto l’attuale coro), protoromanico del 10° secolo, tardo romanico del 1230 circa (campanile e coro conservati), tardo gotico del 1450. Nel periodo della Riforma nel 1523, durante le modifiche strutturali, sono stati distrutti gli altari di S.Pietro. Nel 1705 è stata edificata l’attuale navata, in stile barocco.