Il comune di Märstetten comprende le frazioni di Märstetten e Ottoberg e alcuni piccoli casali. Il villaggio si trova al piede meridionale dell'Ottenberg, fra pendii coltivati a vigneto e i prati e campi fertili della valle della Thur, una delle zone con maggior presenza di acque sotterranee della Svizzera. Il centro del paese di Märstetten è abbellito da diverse case a graticcio, fra le quali figura la «Hohe Haus», costruita nel 1613 quale casa della decima dei canonici di Konstanz (sala del tribunale del 1620 con belle pannellature tardorinascimentali).

La chiesa St. Jakob fungeva da tappa per i pellegrini provenienti da Konstanz e diretti a Einsiedeln. Questo percorso di raccordo al cammino di San Giacomo, noto col nome di «Schwabenweg», veniva già usato nel Medioevo. Degni di nota, oltre all'imponente campanile con la meridiana sul lato sud, sono soprattutto gli affreschi all'interno della chiesa («Das Jüngste Gericht» (giudizio universale) del 1470).

Märstetten vanta un'ampia rete di sentieri escursionistici sull'Ottenberg (ad es. il sentiero della vite (Rebenweg) verso Weinfelden), attraverso i boschi e i prati della valle della Thur e sulle sponde idilliache del Kemmenbach. In estate i bagnanti possono godersi il laghetto sul territorio comunale, il Wisterenweiher. Scuole di equitazione e trekking a dorso d'asino completano l'offerta estiva. In inverno, se la neve è sufficiente sull'Ottenberg vengono tracciate piste da fondo.