Durante il medioevo, Saint-Saphorin era spesso chiamata «Glérolles» e all'epoca romana «Glerula». Si racconta che l'agglomerazione di «Glérolles» fu totalmente devastata dalle acque della frana del «Tauretunum».

Il vescovo Marius decise allora di ricostruire la chiesa più in alto e di dedicarla a «Saint Symphorien» che diede il proprio nome a Saint-Saphorin. La parrocchia di Saint-Saphorin risale dunque al VI secolo (530-594). Saint-Saphorin faceva parte delle «Terre de l’évêque» (terre del vescovo) durante il medioevo. Sébastien de Montfalcon, l'ultimo vescovo, fece costruire la chiesa attuale nel 1520. Lo si vede inginocchiato nell'artistica vetrata della chiesa stessa. Le circoscrizioni religiose furono pure costituite durante il medioevo.