Le village – ou les deux villages – de Goumois est situé de part et d'autre du Doubs, qui fait office de frontière avec la France. Bien que les frontières aient été fixées lors du traité de Vienne, les deux parties du village se sont toujours partagé les infrastructures. Ainsi, l'école se trouve sur le sol suisse, tandis que l'église est située en France. Depuis 1830, les habitants sont autorisés à pratiquer le culte côté français.

Pendant près de 500 ans, Goumois a appartenu à la seigneurie de Franquemont, jusqu'à la dissolution de cette dernière en 1780. En 1792, Goumois fut rattachée pendant quelques mois à la République rauracienne, née de la Révolution française, comprenant les territoires de la principauté épiscopale de Bâle, qui appartenait au Saint Empire romain.

Quelques vestiges du château de Franquemont sont encore visibles. A la suite des rivalités entre le comte de Montbéliard et le prince-évêque de Bâle à propos de la suzeraineté de la baronnie de Franquemont, le château fut entièrement détruit par les troupes bâloises.

Avec l'eau, le village possède une importante richesse naturelle lui permettant de proposer de nombreuses activités touristiques, telles que la pêche et le canoë. Le long du Doubs, des sentiers de randonnée invitent à découvrir divers sites, comme le Rocher du singe, à deux kilomètres en aval.