Le territoire de la commune de Courgenay s’étend sur plus de 18,4 km2. Au nord, une plaine descend jusqu’à l’Allaine. Au nord-ouest, le sommet de Cras d’Hermont (537 m d’altitude) forme la frontière, au sud les Crêtes du Jura densément boisées sur la pente nord (Chaîne du Lomont, 910 m d’altitude) avec la vallée sèche de Combe de Secroux et tout à fait à l’Est le Mont Terri.

Au 19ème siècle, Courgenay, de village agricole, devient un véritable village industriel, fabriquant des boîtiers de montres, des cigares et des bonneteries. Aujourd’hui, la plupart des 2.150 habitants travaillent dans la construction mécanique ainsi que dans des ateliers de mécanique de précision et d’automates. L’agriculture a toutefois conservé une certaine importance en raison de l’excellence des sols. Au centre du village, encore quelques fermes typiques des 18ème et 19ème siècles.

La région de Courgenay est peuplée depuis l’âge néolithique. On y retrouve également des traces de l’époque romaine. Les grottes Saint-Nicolas, un paysage rappelant la forêt tropicale, sont une particularité à ne pas manquer. Un sentier didactique y est également dédié à la botanique.

L’histoire de Gilberte de Courgenay, la fille du patron de l’Hôtel de la Gare, qui s’est consacrée aux soldats au cours de la première guerre mondiale, est célébrée par la chanson populaire «Gilberte de Courgenay». Pendant la deuxième guerre mondiale, l’histoire a été filmée avec Anne-Marie Blanc dans le rôle principal, rendant ainsi le village célèbre dans toute la Suisse. L’Hôtel de la Gare existe toujours.