Par l'organisation et l'accueil d'expositions et de manifestations temporaires, le musée veut également poser un regard actuel sur la société, l'art et l'histoire. Lieu d'échange et de réflexion, il participe activement à la vie sociale et culturelle d'aujourd'hui. Une large place est faite à l'art religieux : trésors d'église, peinture et sculpture, mais également objets de piété plutôt populaire. Les objets proviennent notamment des monastères de Bellelay, de Lucelle, de St-Ursanne et surtout de Moutier-Grandval, abbaye à l'origine de l'entité territoriale jurassienne. A découvrir: la crosse de St-Germain.