L'histoire de Saint-Saphorin commence à l'époque romaine. De cette époque, le village possède une pierre milliaire dont l’inscription remonte à l'an 47 de notre ère. Au Moyen-âge, Saint-Saphorin était souvent appelé «Glérolles» et à l'époque romaine «Glerula». On raconte que l'agglomération de «Glérolles» fut totalement dévastée par les eaux de l'éboulement du «Tauretunum».

L'évêque Marius décida alors de reconstruire l'église plus en hauteur et la dédia à «Saint Symphorien» qui donna son nom à Saint-Saphorin. La paroisse de Saint-Saphorin remonte donc au 6e siècle (530-594). Saint-Saphorin faisait partie des «Terre de l’évêque» durant le Moyen-âge. Sébastien de Montfalcon, le dernier évêque, fit construire l'église actuelle en 1520. On le voit agenouillé sur le grand vitrail du chœur de l'église. Les circonscriptions religieuses furent également constituées pendant le Moyen-âge.