C’est à cet emplacement que s’élevait jadis le cloître de la cathédrale où fut votée, le 21 mai 1536, l’adoption de la Réforme. Celle-ci y est présentée de ses origines à nos jours, commentée de manière vivante grâce aux dernières techniques muséographiques. Le musée retrace l’histoire de la Réforme non seulement dans ses aspects religieux, mais également comme phénomène culturel et social dont les effets se mesurent encore aujourd’hui.

Le musée s’adresse à toute personne, quelle que soit sa croyance, souhaitant comprendre la Réforme, dont Genève est l’une des cités fondatrices. Les thèmes abordés sont notamment, la Bible, la Genève de Calvin, le Banquet théologique, la révocation de l’Edit de Nantes et le refuge huguenot, la peinture du XIXe siècle.

Le XXe siècle est présent dans la cave voûtée qui relie le musée au site archéologique de la Cathédrale Saint-Pierre.