La région autour de l'actuelle Thayngen était déjà habitée à l'âge de pierre. Au début du paléolithique, le Kesslerloch, une grotte de Thayngen, abritait des chasseurs de rennes. Des archéologues y trouvèrent les plus anciennes preuves de domestication du loup jamais trouvées en Europe. C'est donc ici qu'habitaient les premiers amis canins d'Europe.

Le marais «Weiher» porte également la trace d'anciennes habitations: des groupes de maisons sur pilotis y furent découverts et mis à jour au début du 20ème siècle. Aujourd'hui, seul un panneau informatif en témoigne encore, les habitations ayant été ensevelies à nouveau, afin d'être mieux préservées.

Les armoiries de la commune de Thayngen arborent une serpette depuis le 18ème siècle, époque florissante des vignes dans la région. Sur les terres abritées des vents, au pied du Reiat, pousse principalement du Blauburgunder. Les exportations de vin et l'hôtellerie firent fortement prospérer le village. Les anciennes auberges telles que «Sternen», «Adler», «Rotes Haus» et «Dr. Bernets Haus» sont le joyau du centre de Thayngen et datent toutes de cette époque. On peut, aujourd'hui encore, y déguster le vin local.

L'industrie commença à se développer dans ce village paysan presque simultanément avec l'ouverture de la ligne ferroviaire badoise de Schaffhouse-Singen, en 1863. Jusqu'à aujourd'hui, l'usine Knorr est primordiale pour Thayngen. En 1907, l'entreprise mère allemande créa une entreprise en Suisse, afin de contourner les taxes à l'importation, si élevées. Après la Deuxième Guerre mondiale, Knorr Suisse gagna en indépendance et se concentra de plus en plus sur le marché suisse. Des produits à succès tels qu'Aromat, les cubes de bouillon et Stocki furent par la suite créés à Thayngen.


En 1944, Thayngen fut le théâtre d'une tragique méprise. Le 25 décembre, des bombardiers américains l'attaquèrent. L'US Air force s'excusa immédiatement, expliquant avoir confondu Thayngen avec Singen. Cette confusion reste contestée jusqu'à ce jour, car l'attaque eut lieu à faible altitude et par une vue excellente.

La région offre aux vélos quelques itinéraires tranquilles le long des coteaux. Une voie cyclable suit également le castor à travers une vallée, durant quelque 20 minutes, en direction de Hofen, et passe une petite piscine en plein air. Un réservoir accessible situé sur une petite colline de Barzheim offre, depuis son toit, une vue panoramique sur le paysage au caractère volcanique de l'Hegau.