Ayant plus de 200 ans, le jardin botanique présente dans un cadre architectural somptueux plusieurs aspects de la flore. Un jardin extérieur contient une plantation agrémentée, entre autres, par plus de 80 variétés de roses et 180 sortes différentes d'iris. Les serres méritent le détour car elles abritent notamment une remarquable collection de cactées et orchidées.

Avec la mise en place du projet PaléoJura, le musée est appelé à prendre de l'ampleur durant ces prochaines années afin d'assurer la conservation et la valorisation du patrimoine paléontologique mis au jour dans le cadre des fouilles de l'A16.