Die Geschichte von Saint-Saphorin beginnt in römischer Zeit. Aus dieser Ära blieb im Dorf ein Meilenstein erhalten, der eine Inschrift aus dem Jahr 47 n. Chr. trägt. Im Mittelalter wurde Saint-Saphorin häufig mit dem Namen «Glérolles» bezeichnet, während es unter den Römern als «Glerula» bekannt war. Angeblich wurde das Siedlungsgebiet von Glérolles durch die Wasser, die beim Bergrutsch des Tauretunum freigesetzt wurden, völlig zerstört.

Bischof Marius beschloss darauf, die Kirche höher oben wieder aufzubauen und weihte sie dem hl. Symphorien – woraus später der Name Saint-Saphorin entstand. Die Pfarrgemeinde von Saint-Saphorin geht also auf das 6. Jahrhundert (530-594) zurück. Saint-Saphorin bildete im Mittelalter einen Teil des «bischöflichen Landes». Die kirchlichen Verwaltungsgebiete wurden bereits zu jener Zeit festgelegt. Sébastien de Montfalcon, der letzte Bischof, liess 1520 die gegenwärtige Kirche erbauen. Das grosse Glasfenster im Chor stellt den Geistlichen auf den Knien dar.