Seit dem 14. Jh. steht das Rathaus an dieser Stelle, weitab vom Sitz des ehemaligen Stadtherren, des Fürstbischofs, der auf dem Münsterhügel residierte. Diese räumliche Trennung zeigt auf, dass die damals sozial und wirtschaftlich erstarkte Bürgerschaft die Unabhängigkeit vom Bischof anstrebte. Es waren denn auch die in 15 Zünften organisierten Handwerker, die 1501 im Rat den Eintritt der Stadt Basel in den Bund der Eidgenossenschaft durchsetzten. Aus diesem Anlass ersetzte man zu Beginn des 16. Jh. das Vorderhaus des damaligen Rathauses durch einen Neubau. An den Zinnen brachte man die Wappen der 12 Kantone an, die mit Basel damals die Eidgenossenschaft bildeten.

Zu Beginn des 17. Jh. wurde das Rathaus erweitert und die vergrösserte Fassade von Hans Bock mit gemalter Scheinarchitektur verziert. 1900 erfolgte erneut eine Rathauserweiterung mit dem Flügel ganz links und dem Turm rechts. Damals wurde auch das alte Hinterhaus aus dem 14. Jh. abgerissen und durch einen Neubau ersetzt.