Die Aubonne entspringt bei Bière am Fuss des Juras und mündet rund 14 Kilometer weiter südlich in den Genfersee. Die Quelle speist sich aus Niederschlägen, die im karstigen Gestein des Juras versickern und erst später wieder als Quelle an die Oberfläche gelangen.

Die Aubonne verläuft in einem eingeschnittenen Tal, dessen Hänge an manchen Stellen mit Reben bepflanzt sind. Das nationale Arboretum beherbergt auf einer Fläche von 130 Hektaren 3000 Arten und Varietäten von Bäumen und Sträuchern aus allen Teilen der gemässigten Klimazone der Erde. Im Bereich des Parks vereinen sich die Toleure und die Sandoleyre mit der Aubonne. Die drei Flüsse bilden mit ihren Uferhängen unterschiedlichste Standorte, die beim Pflanzen der Bäume und Sträucher berücksichtigt wurden.