Mit der Organisation und der Aufnahme von temporären Ausstellungen und Veranstaltungen will das Museum auch eine aktuelle Sicht auf die Gesellschaft, die Kunst und die Geschichte bieten. Als ein Ort des Austauschs und Nachdenkens nimmt es aktiv am sozialen und kulturellen Leben von heute teil. Die religiöse Kunst nimmt einen wichtigen Platz ein: Kirchenschätze, Gemälde und Skulpturen, aber auch volkstümliche religiöse Objekte. Sie stammen vor allem aus den Klöstern von Bellelay, Lucelle, Saint-Ursanne und Moutier-Grandval, ein für den Jura historisch bedeutendes Kloster. Ebenfalls zu entdecken: der Bischofsstab von St-Germain.