1992 gelangte die Kirchner Stiftung dank der Schenkung des Ehepaares Rosemarie und Roman Norbert Ketterer und der Familienstiftung «Benvenuta» in den Besitz einer umfangreichen Sammlung von Werken des Künstlers. Seitdem wurde der Sammlungsbestand dank weiteren Schenkungen erheblich erweitert. Die Sammlung umfasst nun über 1400 Zeichnungen, Druckgraphiken, Textilien, Gemälde, Skulpturen und Skizzenbücher des Künstlers.

Das Kirchner Museum zeigt ständig Hauptwerke aus der Sammlung. Zusätzlich werden in Wechselausstellungen, die Zeit des Expressionismus und verwandte Kunstrichtungen vorgestellt. Atelier-, Akt-, Zirkusszenen und Porträts von der «Brücke»-Zeit bis zum Schweizer Spätwerk werden anhand bedeutender Werke präsentiert. Die Mehrzahl der Gemälde stammt aus Kirchners Davoser Zeit.

Das Museumsgebäude ist der erste grosse Auftrag, den die Zürcher Architekten Annette Gigon und Mike Guyer zur Ausführung brachten. In seiner schlichten, aber äusserst konsequenten Bauweise aus Glas, Beton, Stahl und Holz gilt es als wegweisend für neue Auffassungen in der Museumsarchitektur.