Das Gemeindegebiet von Courgenay erstreckt sich über 18,4 km2. Im Norden befindet sich die Ebene, die bis zur Allaine hinunter reicht. Im Nordwesten bildet die Höhe von Cras d’Hermont (537 m ü.M.) die Grenze, im Süden der am Nordhang dicht bewaldete Jurakamm (Lomontkette, 910 m ü.M) mit dem Trockental Combe de Secroux, ganz im Osten der Mont Terri.

Im 19. Jahrhundert wandelte sich Courgenay vom Agrar- zum Industriedorf. Hergestellt wurden Uhrengehäuse, Zigarren und Trikotagen. Heute finden die 2'150 Einwohner im Maschinenbau und in feinmechanischen sowie Automaten-Werkstätten den Grossteil an Arbeitsplätzen. Die Landwirtschaft hat aufgrund der guten Böden jedoch nach wie vor eine Bedeutung. Im Dorfkern sind die typischen Bauernhäuser des 18. und 19. Jahrhunderts erhalten geblieben.

Das Gebiet von Courgenay ist seit der Zeit des Neolithikums besiedelt. Auch aus der Römerzeit finden sich noch Spuren. Eine Besonderheit sind die Grottes Saint-Nicolas mit einer Landschaft, die an einen tropischen Wald erinnert. Hier findet man auch einen botanischen Lehrpfad.

Die Geschichte von Gilberte de Courgenay, der Wirtstochter vom Hôtel de la Gare, die sich im ersten Weltkrieg um die Soldaten gekümmert hat, wird im populären Lied «Gilberte de Courgenay» gewürdigt. Während des zweiten Weltkriegs wurde die Geschichte mit Anne-Marie Blanc in der Hauptrolle verfilmt und machte das Dorf dadurch gesamtschweizerisch bekannt. Das Hôtel de la Gare ist immer noch in Betrieb.